El Santuario de la Encina, a poco de más de cuatro kilómetros de Baños, con camino,  que sigue en parte el curso de la antigua calzada romana de Iliturgi a Toledo, se edificó en etapas sucesivas y sobre otro primitivo que debió ser mucho más pequeño, de finales del siglo XIII y principios del XIV, como revelan ciertas piezas arquitectónicas halladas en las inmediaciones: columnas y fustes, así como capiteles de un pre-románico, probablemente del Santuario primitivo. En el siglo XVII se hizo una notable y definitiva ampliación y reestructuración, quedando como en la actualidad.

El libro “Fundaciones de Úbeda”, anterior a la edificación del Santuario de Jesús del Llano, terminado a finales del siglo XVIII, tiene la siguiente referencia a la Patrona de Baños:

«Al norte de Bailén, a una legua de distancia está Baños; tiene una Parroquial antigua dedicada a Nuestra Señora y la moderna de San Mateo. La Ermita de la Señora que llaman de la Encina por haberse hallado su Santa Imagen en el hueco de una encina, es antiquísima, assí la Santa Imagen como la Ermita y de mucha devoción por quien ha obrado la Magestad de Dios muchas maravillas. Por haber desacatado y maltratado Moros en una entrada que hicieron en esta Santa Casa, un caballero llamado Sancho Vizcaíno la reparó y trajo Bula de Indulgencia para los que ayudasen con sus limosnas para su reparo y ornato. Créese que estaba enterrado en esta Ermita en un sepulcro de mármol blanco que en ella se halló y descubrió cuando se abrieron las zanjas para el edificio nuevo que se ha hecho. Hay también en esta Villa las Ermitas siguientes: De Santo Domingo, de San Sebastián, San Ildefonso, Santa Olalla y el humilladero del Santo Xpt º”.

El Santuario de la Virgen es de notables proporciones: 24,50 metros de largo total por 9,15 de ancho, todo de piedra de sillería con bóveda de medio cañón, coro alto y cancel, así como siete altares laterales: cuatro en el lado del Evangelio y tres y puerta de la sacristía en el de la Epístola. El presbiterio está a mayor altura y por él se accede al púlpito sostenido por balaustre de jaspe, y al hermoso altar mayor con retablo barroco desaparecido durante la guerra civil. Al camarín se accede por escalera que también arranca del presbiterio.